एजेंट 47 की कहानी एक गोपनीय संगठन, ओमीक्रॉन, से शुरू होती है, जो एक शक्तिशाली व्यक्ति को बनाने के लिए जेनेटिक इंजीनियरिंग का उपयोग करता है। एजेंट 47 को एक हिटमैन के रूप में प्रशिक्षित किया जाता है, जो अपने लक्ष्यों को समाप्त करने के लिए किसी भी तरीके का उपयोग कर सकता है।